前作『零の軌跡』に続き本作の舞台となるゼムリア大陸西部のクロスベル自治州。クロスベル警察の特務支援課に配属されたロイドたちの活躍により、自治州を揺るがす巨大な陰謀は阻止され、束の間の平和が訪れたかに思われたが…。さまざまな思惑が渦巻く中、ロイドたちの新たな戦いが始まる!