はるかな未来、世界はプロジェン博士と恐るべき人造人間の軍団に支配されていた。助けを求める悲痛な声が、忍者一門で最後の生き残りとなったシャドウを呼び覚ます。世界はなぜ廃墟と化したのか? その原因を探るため、シャドウは最後の任務に挑む。